El diagnóstico temprano es un factor clave para modificar la historia natural de la atrofia muscular espinal. Cada niño con atrofia muscular espinal se ve afectado de forma diferente y es importante tener en cuenta que los síntomas pueden variar enormemente en función de la edad de inicio y de la gravedad de la enfermedad. Los niños pueden experimentar debilidad muscular progresiva en los músculos más cercanos al centro del cuerpo, como los hombros, muslos y pelvis. Estos músculos permiten actividades como gatear, caminar, sentarse y controlar el movimiento de la cabeza. También pueden verse afectadas la respiración y la deglución.

Además de los estándares para el crecimiento físico, los Estándares de Crecimiento del Niño de la OMS, incluyen seis hitos de desarrollo motor grueso (sentarse sin ayuda, pararse con apoyo, gatear usando las manos y rodillas, caminar con ayuda, pararse solo y caminar solo. Se espera que los niños saludables logren realizar durante rangos específicos de edad entre los 4 y 18 meses.

La Atrofia Espinal Muscular tipo I también llamada enfermedad de Werdnig-Hoffman es una forma infantil grave de AME, caracterizada por una debilidad muscular grave y progresiva. La enfermedad aparece antes de los 6 meses de edad. La debilidad muscular (casi siempre simétrica) afecta en primer lugar a los miembros proximales y progresa hacia las extremidades (manos y pies), el llanto es débil y son frecuentes los problemas de succión/deglución, lo que conlleva una alimentación dificultosa. Los reflejos tendinosos profundos están ausentes y es común la insuficiencia respiratoria. Los pacientes no pueden sentarse sin un soporte y no podrán caminar en este tipo de AME.

La Atrofia Muscular Espinal tipo II aparece entre los 6 y los 18 meses de edad. En general, los niños afectados tienen dificultades para sentarse de forma independiente y son incapaces de mantenerse en pie y de andar al año de vida. La debilidad muscular (casi siempre simétrica) afecta principalmente a las piernas y a los músculos del tronco. Es frecuente el temblor de los dedos, es común la insuficiencia respiratoria, la escoliosis y las fracturas en respuesta a mínimos traumas.

La Atrofia Muscular Espinal tipo III se manifiesta después de los 18 meses de vida (normalmente entre la infancia y la adolescencia), una vez que la capacidad ambulatoria ha sido adquirida. Algunos autores han distinguido dos subtipos (SMA 3a y SMA 3b): la SMA 3a define aquellos pacientes en los que la enfermedad aparece antes de los 3 años, mientras que la SMA 3b define aquellos pacientes en los que la enfermedad aparece después de los 3 años. Son comunes las dificultades para andar, correr, subir y bajar escaleras. La debilidad muscular afecta predominantemente a los músculos de las piernas y de la cadera, y progresa hacia hombros y brazos. Es frecuente un leve temblor de dedos y la escoliosis.